Информације

Šta na kraju kontroliše transkripciju DNK?

Šta na kraju kontroliše transkripciju DNK?


We are searching data for your request:

Forums and discussions:
Manuals and reference books:
Data from registers:
Wait the end of the search in all databases.
Upon completion, a link will appear to access the found materials.

Транскрипција ДНК и даље спајање мРНК регулисани су различитим факторима транскрипције, малим нуклеарним РНК и тако даље; на сличан начин повезани механизми као што је транспозиција транспозона.

Svi takvi faktori i mehanizmi, uključujući i one povezane sa međućelijskom signalizacijom posredovanom peptidima i raznim takozvanim epigenetskim enzimskim procesima, zahtevaju i zavise od same transkripcije, pre svega od DNK kodona.

Који би механизам онда требало да на крају контролише експресију, на крају као пептида преведених из мРНК, информација кодираних у ДНК; ako to nisu tako kodirani peptidi? Odnosno, pošto transkripcija zavisi od transkripcionih faktora koji sami po sebi zahtevaju transkripciju koja zahteva dalje transkripcione faktore, da li to znači da u celini svoje funkcije DNK kontroliše samu sebe?

Како се онда ДНК и њена транскрипција могу замислити као таква функција самоконтроле?


Транскрипција ДНК се на крају контролише "различитим факторима транскрипције, малим нуклеарним РНК и тако даље" у ћелији.

Молекули који чине "различите транскрипционе факторе" итд. Већ су присутни у ћелији када започне нова транскрипција. Као што сте приметили, већина ових молекула сами по себи зависе од транскрипције ДНК, али и од доступности компонената молекула (нпр. Нуклеотида, аминокиселина) и механизама обраде, попут рибозома.

Дакле, нова инстанца транскрипције захтева радно ћелијско окружење, а то окружење је створено и одржавано према упутствима молекула ДНК у раније време. Obično su ti molekuli DNK bili potpuno isti kao i oni iz kojih se vrši transkripcija. Повремено би ти молекули ДНК били физички различити, али адекватно компатибилни, попут изворних хромозома који су копирани током митозе да би се створио тренутни молекул ДНК.


Шта на крају контролише транскрипцију ДНК? - Биологија

Да би ћелија правилно функционисала, неопходни протеини морају бити синтетизовани у одговарајуће време. Sve ćelije kontrolišu ili regulišu sintezu proteina iz informacija kodiranih u njihovoj DNK. Proces uključivanja gena za proizvodnju RNK i proteina se naziva Експресија гена. Било у једноставном једноћелијском организму или у сложеном вишећелијском организму, свака ћелија контролише када и како се њени гени изражавају. Da bi se to dogodilo, mora postojati mehanizam za kontrolu kada se gen ekspresuje da napravi RNK i protein, koliko proteina je napravljeno i kada je vreme da se prestane sa proizvodnjom tog proteina jer više nije potreban.

Регулација експресије гена чува енергију и простор. Organizmu bi bila potrebna značajna količina energije da ekspresuje svaki gen u svakom trenutku, tako da je energetski efikasnije uključiti gene samo kada su potrebni. Осим тога, само изражавање подскупа гена у свакој ћелији штеди простор јер се ДНК мора одмотати из своје чврсто намотане структуре да би се транскрибовала и превела ДНК. Ćelije bi morale biti ogromne kada bi se svaki protein stalno eksprimirao u svakoj ćeliji.

Контрола експресије гена је изузетно сложена. Poremećaji u ovom procesu su štetni za ćeliju i mogu dovesti do razvoja mnogih bolesti, uključujući rak.

Исходи учења

  • Razgovarajte o tome zašto svaka ćelija ne izražava sve svoje gene
  • Упоредите прокариотску и еукариотску регулацију гена

Нови механизам за окончање транскрипције ДНК у РНК у бактеријама

Овај протеин, познат као НусГ, паузира механизам транскрипције у специфичним ДНК секвенцама како би олакшао оно што се назива "унутрашња терминација" и спречио нежељену транскрипцију која би могла пореметити ћелијску функцију.

Нова студија, коју су водили истраживачи из Пенн Стате -а, показује да НусГ и сродни протеин, НусА, заједно олакшавају прекидање на око 88% унутрашњих терминатора у бактерији Бациллус субтилис. Разумевање овог процеса проширује наше основно знање о овој кључној ћелијској функцији и на крају би могло помоћи у развоју антибиотика који циљају и ремете регулацију гена у бактеријама. Рад који описује истраживање појављује се на интернету у часопису eLife.

"Да би ћелија приступила генетским информацијама ускладиштеним у ДНК, прво их мора транскрибовати у РНК помоћу ензима званог РНК полимераза", рекао је Зацхари Ф. Манделл, апсолвент на Пенн Стате -у и први аутор рада. "Овај процес је високо координиран како би се осигурало да се прави гени експримирају у право вријеме и на одговарајућем нивоу како би ћелија правилно функционирала. Заинтересирани смо за разумијевање механизама који омогућавају ћелији да заустави транскрипцију на прецизним локацијама дуж генома. "

Pravilna regulacija ekspresije gena odvija se u tri osnovne faze. Прво, транскрипцију иницира РНА полимераза која се веже за ДНК на почетку секвенце која се транскрибује. НусА и НусГ се затим везују за РНА полимеразу током процеса продужења како би направили РНК копију секвенце ДНК. Коначно, транскрипција мора бити прекинута на одговарајућим местима у геному.

"Престанак транскрипције је посебно важан за бактерије јер су гени чврсто упаковани заједно дуж генома, тако да би неуспех престанка транскрипције на правим локацијама могао довести до неодговарајуће експресије гена", рекао је Паул Бабитзке, професор биохемије и молекуларне биологије у Пенну Стате и вођа истраживачког тима.

Механизми за прекид бактерија традиционално су класификовани или као "зависни од фактора", који се ослањају на протеин назван Рхо, или као унутрашњи завршетак, за који се сматрало да је "независан од фактора". Intrinzična terminacija se oslanja na strukturu ukosnice RNK koja se formira u molekulu RNK koji se proizvodi, što uzrokuje oslobađanje RNK iz mašine za transkripciju.

НусГ и НусА су оба протеина класификована као транскрипцијски фактор који помажу у регулацији експресије гена и део су комплекса протеина који читају и преписују ДНК током продужења. NusA stupa u interakciju sa molekulom RNK koji se proizvodi i NusG se može vezati za DNK kako bi pauzirao elongaciju. На основу претходних истраживања, сматра се да НусА игра улогу у унутрашњем прекиду помажући у формирању укоснице РНК, али улога НусГ у престанку није утврђена.

Да би се даље истражила улога ова два протеина у унутрашњем прекиду, истраживачки тим је произвео сојеве бактерија којима недостаје НусА, недостаје НусГ, а недостају и НусА и НусГ. Zatim su koristili tehniku ​​koju su izmislili pod nazivom "Term-Seq", u kojoj mogu da sačuvaju i identifikuju krajeve svih RNK ​​molekula proizvedenih u njihovim bakterijskim sojevima. РНК завршеци из мутираних сојева могли би се затим упоредити са молекулима РНК из бактерија са нормално функционалним НусА и НусГ.

„Otkrili smo da su neke unutrašnje lokacije zavisne od NusA, neke od NusG, neke od NusA ili NusG, a neke su zahtevale oboje“, rekao je Mandel. "Bili smo donekle iznenađeni kolika je uloga ova dva proteina u intrinzičnoj terminaciji. Ukupno 88% svih intrinzičnih terminacionih mesta se oslanjalo na NusA ili NusG u nekom svojstvu. Unutrašnja terminacija očigledno nije potpuno 'nezavisna od faktora'. "

Истраживачи још истражују прецизну улогу коју Нус протеини играју у престанку транскрипције.

"Мислимо да НусА помаже директно у формирању укосница потребних за унутрашњи прекид и да НусГ паузира продужење на местима завршетка како би укосници дао додатно време за формирање", рекао је Бабитзке.


Histonske modifikacije

Архитектуру хроматина, нуклеосомално позиционирање и на крају приступ ДНК за транскрипцију гена у великој мери контролишу протеини хистона. Сваки нуклеосом је сачињен од две идентичне подјединице, од којих свака садржи четири хистона: Х2А, Х2Б, Х3 и Х4. У међувремену, протеин Х1 делује као везивни хистон за стабилизацију интернуклеосомске ДНК и не чини део самог нуклеосома.

Протеини хистона подлежу посттранслационој модификацији (ПТМ) на различите начине, што утиче на њихову интеракцију са ДНК. Neke modifikacije ometaju interakcije histon-DNK, uzrokujući da se nukleozomi odmotaju. U ovoj otvorenoj konformaciji hromatina, nazvanoj euhromatin, DNK je dostupna za vezivanje transkripcionih mašina i naknadnu aktivaciju gena. Насупрот томе, модификације које јачају интеракције хистон-ДНК стварају чврсто упаковану структуру хроматина која се назива хетерохроматин. У овом компактном облику, транскрипциона машина не може приступити ДНК, што доводи до утишавања гена. На овај начин, модификација хистона помоћу комплекса за ремоделирање хроматина мења архитектуру хроматина и активацију гена.

Слика 1: Најчешће модификације хистона. Да бисте сазнали више, погледајте наш цео текст poster za modifikacije histona

Zajedno, ove histonske modifikacije čine ono što je poznato kao histonski kod, koji diktira stanje transkripcije lokalnog genomskog regiona. Испитивањем модификација хистона у одређеном региону или у целом геному могу се открити стања активације гена, локације промотера, појачивача и других регулаторних елемената гена.

Детаљне модификације хистона

Acetilacija

Acetilacija je jedna od najčešće proučavanih modifikacija histona jer je jedna od prvih otkrivenih da utiče na regulaciju transkripcije. Ацетилација додаје негативан набој остацима лизина на хистонским реповима Н-терминала који се протежу из нуклеосома. Ови негативни набоји одбијају негативно наелектрисану ДНК, што резултира опуштеном структуром хроматина. Otvorena konformacija hromatina omogućava vezivanje faktora transkripcije i značajno povećava ekspresiju gena (Roth ет ал., 2001)

Ацетилација хистона је укључена у регулацију ћелијског циклуса, ћелијску пролиферацију и апоптозу и може играти виталну улогу у регулисању многих других ћелијских процеса, укључујући ћелијску диференцијацију, репликацију и поправку ДНК, увоз нуклеарног материјала и репресију неурона. Neravnoteža u ravnoteži acetilacije histona povezana je sa tumorigenezom i progresijom raka.

Acetil grupe se dodaju lizinskim ostacima histona H3 i H4 pomoću histon acetiltransferaza (HAT) i uklanjaju deacetilazama (HDAC). Ацетилација хистона је углавном усмерена на регионе промотера, познате као ацетилација локализована промотором. На пример, ацетилација К9 и К27 на хистону Х3 (Х3К9ац и Х3К27ац) обично је повезана са појачивачима и промоторима активних гена. Низак ниво глобалне ацетилације се такође налази у транскрибованим генима, чија функција остаје нејасна.

Метилација

Метилација се додаје остацима лизина или аргинина хистона Х3 и Х4, са различитим утицајима на транскрипцију. Метилација аргинина промовише транскрипциону активацију (Греер ет ал., 2012) dok je metilacija lizina uključena u transkripcionu aktivaciju i represiju u zavisnosti od mesta metilacije. Ова флексибилност се може објаснити чињеницом да та метилација не мења набој хистона нити директно утиче на интеракције хистон-ДНК, за разлику од ацетилације.

Лизини могу бити моно-, ди- или три-метилирани, пружајући даљу функционалну разноликост сваком месту метилације. Na primer, i mono- i tri-metilacija na K4 histona H3 (H3K4me1 i H3K4me3) su markeri aktivacije, ali sa jedinstvenim nijansama: H3K4me1 tipično označava pojačivače transkripcije, dok H3K4me3 označava promotere gena. У међувремену, три-метилација К36 (Х3К36ме3) је активациони маркер повезан са транскрибованим регионима у генским телима.

Насупрот томе, три-метилација на К9 и К27 хистона Х3 (Х3К9ме3 и Х3К27ме3) су репресивни сигнали са јединственим функцијама: Х3К27ме3 је привремени сигнал у регионима промотора који контролише развојне регулаторе у ембрионалним матичним ћелијама, укључујући гене Хок и Сок. У међувремену, Х3К9ме3 је трајан сигнал за стварање хетерохроматина у хромозомским регионима сиромашним генима са структурама за понављање у тандему, као што су сателитски репетитиви, теломери и перицентромери. Такође означава ретротранспозоне и специфичне породице гена прстију цинка (КРАБ-ЗФП). Обе ознаке се налазе на неактивном хромозому Кс, са Х3К27ме3 у међугеним и пригушеним кодирајућим регионима и Х3К9ме3 претежно у кодирајућим регионима активних гена.

Metilacija histona je stabilan znak koji se širi kroz više deoba ćelija, i dugi niz godina se smatralo da je nepovratna. Međutim, nedavno je otkriveno da je to aktivno regulisan i reverzibilan proces.

Метилација: хистонске метилтрансферазе (ХМТ)

  • Лисине
    • СЕТ који садржи домен (хистонски репови)
    • Домени који не садрже СЕТ (хистонска језгра)
    • Породица ПРМТ (протеин аргинин метилтрансферазе)

    Деметилација: хистонске деметилазе

    • Лисине
      • KDM1/LSD1 (demetilaza 1 specifična za lizin)
      • JmjC (koji sadrži Jumonji domen)
      • ПАД4/ПАДИ4

      Фосфорилација

      Фосфорилација хистона је критичан посредни корак у кондензацији хромозома током деобе ћелија, регулације транскрипције и поправке оштећења ДНК (Россетто ет ал., 2012, Ксцхонсак ет ал., 2015). Za razliku od acetilacije i metilacije, fosforilacija histona uspostavlja interakcije između drugih modifikacija histona i služi kao platforma za efektorske proteine, što dovodi do nizvodne kaskade događaja.

      Фосфорилација се јавља на свим језгрима хистона, са различитим ефектима на сваки. Фосфорилација хистона Х3 у серину 10 и 28, и хистона Х2А на Т120, укључени су у збијање хроматина и регулацију структуре и функције хроматина током митозе. Ovo su važni markeri ćelijskog ciklusa i rasta ćelija koji su očuvani kod eukariota. Фосфорилација Х2АКС на С139 (што резултира γХ2АКС) служи као тачка за регрутовање протеина за поправку оштећења ДНК (Ловндес ет ал., 2005, Пинто ет ал., 2010) и један је од најранијих догађаја који су се десили након распуштања двоструких ланаца ДНК . Fosforilacija H2B nije tako dobra studija, ali je utvrđeno da olakšava kondenzaciju hromatina povezanu sa apoptozom, fragmentaciju DNK i ćelijsku smrt (Füllgrabe et al., 2010).

      Свеприсутност

      Сви протеини језгра хистона могу бити свеприсутни, али су Х2А и Х2Б најчешће и два су најраспрострањенија протеина у језгру (Цао ет ал., 2012). Свеприсутност хистона игра централну улогу у одговору на оштећење ДНК.

      Моноубикуитилатион хистона Х2А, Х2Б и Х2АКС налази се на местима ДНК дволанчаних ломова. Најчешћи облици су монобиквилилирани Х2А на К119 и Х2Б на К123 (квасац)/К120 (кичмењаци). Моноубикуитилатед Х2А је такође повезан са утишавањем гена, док је Х2Б такође повезан са активацијом транскрипције.

      Poliubikvitilacija je manje uobičajena, ali je takođe važna u popravci DNK-- poliubikvitilacija H2A i H2AX na K63 obezbeđuje mesto za prepoznavanje proteina za popravku DNK, kao što je RAP80.

      Ензимска регулација

      Као и друге модификације хистона, монооубикуитилатион Х2А и Х2Б је реверзибилан и строго је регулисан хистонским убикуитин лигазама и ензимима за деубикуитилатинг.

      Monoubikvitilacija

      Полиубикуитилатион

      Кратки водич за измене хистона

      Најчешће модификације хистона и где их пронаћи:

      Хистонска модификација Функција Локација

      Побољшавачи активације Х3К4ме1

      H3K4me3 Activation Promoters

      Tela aktivacionog gena H3K36me3

      Х3К79ме2 Активациона тела гена

      Појачивачи активације Х3К9Ац, промотори

      Појачивачи активације Х3К27Ац, промотори

      Х4К16Ац Активација Понављајуће секвенце

      Х3К27ме3 Промотори репресије, региони богати генима

      H3K9me3 Represija Satelitska ponavljanja, telomere, pericentromere

      Gama H2A.X DNK oštećuje DNK dvolančane prekide

      Х3С10П репликација ДНК Митотични хромозоми

      Проучавање модификација хистона од стране ЦхИП -а

      ChIP koristi antitela da izoluje protein ili modifikaciju od interesa, zajedno sa DNK za koju je vezan (slika 5). ДНК се затим секвенцира и мапира у геном како би се идентификовала локација или бројност протеина или модификације.

      Слика 2: ЦхИП модификација хистона. Antitela se direktno vezuju za modifikovane repove histona. Имунопреципитација и пречишћавање ДНК омогућавају изолацију и идентификацију геномских региона које модификације заузимају.

      Korišćenje antitela protiv specifičnih histona i modifikacija histona u ChIP eksperimentima može otkriti specifične lokacije

      • Strukture hromatina višeg reda, npr. H3K9me3 označava heterohromatin i ponavljanja satelita
      • Активни или пригушени гени и генетски програми, нпр. АХ3К9ац означава активацију гена
      • Генетски елементи попут промотера и појачивача, нпр. Х3К27ме3 означава промотере у регионима богатим генима, Х3К4ме1 означава активне појачиваче

      Ако је позната функција модификације хистона, ЦхИП може идентификовати специфичне гене и регионе са овим потписом модификације хистона и одговарајућу функцију у целом геному. Ови гени и региони се затим могу додатно испитати на њихову улогу у биолошком процесу од интереса. На пример, употреба ЦхИП -а против Х3К4ме1 откриће локације и секвенце активних појачивача у целом геному, указујући на гене и генетске програме од интереса.

      Alternativno, ako funkcija modifikacije histona nije poznata, ChIP može identifikovati sekvence, gene i lokacije sa ovim potpisom, koji se zatim mogu koristiti za zaključivanje funkcije modifikacije. Ова техника је била кључна у декодирању великог дела хистонског кода и још увек је вредна у утврђивању функције новооткривених модификација попут свеприсутности и других нових ознака.

      Ензими који модификују хистон: писци и гумице​

      Modifikacije histona se dinamički dodaju i uklanjaju iz histonskih proteina pomoću specifičnih enzima (tabela 1). Равнотежа између ових писаца и гумица за брисање диктира које су ознаке присутне на хистонима и на ком нивоу, да би се на крају контролисало да ли су одређени генетски програми и ћелијски процеси које оркестрирају укључени или искључени.

      Табела 1. Главне категорије писаца хистона и гумица за брисање.

      Измена

      Хистон ацетилтрансферазе (ХАТ)

      Хистонске деацетилазе (ХДАЦ)

      Метилтрансферазе хистона (ХМТ/КМТ) и метилтрансферазе протеина аргинина (ПРМТ)

      Za više detalja o čitaocima, piscima i gumicama histonskih modifikacija pogledajte našu poster epigenetske modifikacije.

      Идентификовање путева измена и конкретних писаца и гумица у игри може открити:

      • Релевантни ћелијски путеви, генетски програми и физиолошки ефекти за даља истраживања. На пример, хистон деацетилазе (ХДАЦ) активирају имунолошке развојне путеве, док хистон ацетилтрансферазе (ХАТ) играју кључну улогу у диференцијацији и пролиферацији.
      • Неравнотежа између писаца и брисача која мења генетско програмирање и лежи у основи процеса болести. Карактеризација такве неравнотеже и специфични ензими који су у питању могу пружити увид у патологију болести, од карцинома до аутоимуних поремећаја.
      • Novi ciljevi lekova i terapijske strategije. Kada se neravnoteža identifikuje, mogu se razviti lekovi koji utiču na aktivnost ovih enzima i ispravljaju neravnotežu, nudeći nove terapijske strategije protiv bolesti koje su do sada izbegavale medicinske napore. На пример, многи инхибитори ХДАЦ су у развоју као нови лекови против рака и упалних болести попут артритиса и дијабетеса типа И.

      У настојању да се развију лекови, једињења се могу лако проверити на њихов утицај на активност писца и гумице.

      Karakterizacija puteva metilacije histona

      Уопштено, тестови хистонске метилтрансферазе (ХМТ) су изазовни за развој, а већина има неколико недостатака због дизајна теста. Типични ХМТ тестови користе 3 Х-САМ као донатор метила и мере С-аденозилхомоцистеин (САХ) као општи нуспродукт реакције метилације. Međutim, ovo zahteva

      • Руковање радиоактивним материјалом
      • Visoka osetljivost za prevazilaženje niskog kмачка (promet obično < 1 min-1) i KM вредности за донатора метила, САМ
      • Претходно пречишћавање комплекса ензима/протеина за процену активности специфичних ХМТ

      Абцам ХМТ тестови активности превазилазе ове потешкоће, процењујући активност специфичних ХМТ са антителима која откривају специфични метилирани производ, пружајући:

      • Лако колориметријско или флуорометријско откривање, без радиоактивности
      • Компатибилност са нуклеарним екстрактима или пречишћеним протеинима (тест је специфичан за модификацију од интереса)
      • Podaci za 3 sata

      За више информација о нашим тестовима метилације хистона кликните овде.

      Карактерише активност деметилазе

      Testovi aktivnosti histon demetilaze obično mere formiranje formaldehida, nusproizvoda demetilacije. Због тога су подложни сметњама детерџената, тиолних група и низа јона. Слично тестовима метилације, ови тестови нису специфични за било коју деметилазу и могу се извести само са пречишћеним протеином.

      Абцамови тестови хистонске деметилазе заобилазе ова питања директним мерењем стварања деметилованог производа, обезбеђујући:

      • Повећана осетљивост (20–1.000 пута) у односу на тестове засноване на формалдехиду
      • Прецизнији подаци без сметњи тиола, детерџената или јона
      • Kompatibilnost sa nuklearnim ekstraktima ili prečišćenim proteinom (zbog specifičnosti testa za modifikaciju od interesa)
      • Meri aktivnost demetilaze iz širokog spektra vrsta uključujući ćelije/tkiva sisara, biljke i bakterije
      • Брзи формат микроплоче са једноставним колориметријским или флуорометријским очитавањем
      • Подаци за 3 сата

      За више информација о нашим испитивањима хистонске деметилазе кликните овде.

      Карактеризација путева ацетилације хистона

      Абцам нуди комплете за анализу укупних, као и специфичних Х4 активности специфичних за Х4. Ovi testovi mere HAT katalizovani transfer acetil grupa sa donatora acetil-CoA na histonske peptide, koji generiše acetilovani peptid i CoA-SH. Zatim se nusprodukt CoA-SH meri kolorimetrijskim ili fluorometrijskim metodama:

      • Колориметријски тестови- ЦоА-СХ служи као есенцијални коензим за производњу НАДХ, који реагује са растворљивом бојом тетразолијума да би произвео производ који се може детектовати спектрофотометријски. Овај тест је идеалан за кинетичке студије, са сталним откривањем.
      • Fluorometrijski testovi - CoA-SH reaguje sa razvijačem i sondom da bi stvorio proizvod koji se detektuje fluorometrijski.

      Карактерише активност хистон деацетилазе

      Протеини ХДАЦ спадају у четири велике групе (класа И, класа ИИА, класа ИИБ, класа ИИИ, класа ИВ) на основу сличности функције и ДНК секвенце. Klase I, IIA i IIB se smatraju „klasičnim“ HDAC-ovima čije aktivnosti inhibira trihostatin A (TSA), dok je klasa III porodica NAD+-zavisnih proteina (sirtuina (SIRT)) na koje TSA ne utiče. Класа ИВ се сама по себи сматра атипичном класом, заснована искључиво на сличности ДНК секвенце са осталим.

      Svaka od ovih klasa je povezana sa različitim ćelijskim programima i može se pojedinačno analizirati različitim fluorometrijskim testovima. Na primer, SIRT su obično povezani sa rakom i neurološkim oboljenjima. Откривање активности СИРТ -а или идентификовање лекова који утичу на активност СИРТ -а може указати на нову дијагностику или терапијске стратегије за ове болести.

      Флуорометријски тестови користе ацетилирани пептидни супстрат са флуорофором и гашењем на његовим амино и карбоксилним терминалима. Када се супстрат деацетилише, може се одвојити пептидазом, ослобађајући флуорофор из гашења. Накнадно повећање интензитета флуоресценције флуорофора директно је пропорционално активности деацетилазе.

      Спрјечавање писаца и gumice

      Могу бити корисни у инхибирању ових модификујућих ензима коришћењем малих молекула, а затим проценити низводне последице како бисмо испитали укљученост и биолошке функције модификација хистона. Дакле, инхибитори писаца и брисачи витални су алати за разумевање улоге епигенетских модификационих путева. Oni su takođe od suštinskog značaja za validaciju ciljeva koji se mogu „lijekovati“ u kontekstu pretkliničkih studija, kako u akademskom tako iu industrijskom kontekstu.

      Читачи/преводиоци измена хистона

      Модификације хистона регулишу физичка својства хроматина и његово одговарајуће транскрипционо стање, било директно (нпр. Ацетилне групе које одбијају негативно наелектрисану ДНК да би се створила отворена конформација хроматина) или преко протеинских адаптера који се називају ефектори. Ефекторски протеини препознају и везују се за специфичне епигенетске ознаке, а затим регрутују молекуларне машине да промене структуру хроматина. Ови епигенетски читачи одређују функционални исход модификација хистона превођењем хистонског кода у акцију.

      Ефекторска домена препознају специфичне модификације хистона

      Efektorski proteini prepoznaju i vezuju se za markere modifikacije histona preko efektorskih domena, poznatih kao moduli (Tabela 2).

      Tabela 2. Prepoznavanje histonskih oznaka po modulima ili proteinima koji vezuju histon.


      Шта на крају контролише транскрипцију ДНК? - Биологија

      Недавни напредак у методама изолације ТЦР комплекса открио је секвенцијалну и кооперативну монтажу ЦСБ, ЦСА и УВССА на РНАПИИ заустављен оштећењем ДНК.

      Свеприсутна УВ-индукована свеприсутност једног лизинског остатка у највећој подјединици РНАПИИ (РПБ1-К1268) помоћу ЦРЛ4 Е3 лигаза, укључујући ЦРЛ4 ЦСА, кључни је регулатор ТЦР-а и, заједно са убиквилилацијом УВССА (К414), промовише трансфер ТФИИХ на РНАПИИ да започне поправку ДНК.

      Убиквилилација РПБ1-К1268 зависна од ЦС протеина делује као молекуларни сат који промовише поправку ДНК у раним временским тачкама, али доводи до уклањања РНАПИИ заустављеног оштећењем ДНК када поправка не успе.

      Umesto poremećaja popravke DNK, novi dokazi sugerišu da je Cockayneov sindrom uzrokovan nedostatkom u procesuiranju RNAPII, što rezultira njegovim produženim zaustavljanjem na lezijama DNK, što na kraju uzrokuje neurodegeneraciju.

      Lezije DNK predstavljaju glavnu prepreku tokom transkripcije gena enzimima RNK polimeraze II (RNAPII). Пут транскрипције везане поправке ДНК (ТЦР) елиминише такве ДНК лезије. Наслеђени дефекти ТЦР -а узрокују тешке клиничке синдроме, укључујући Цоцкаинеов синдром (ЦС). Molekularni mehanizam TCR i molekularno poreklo CS dugo su ostali zagonetni. Овде истражујемо нова достигнућа у нашем разумевању како се комплекси ТЦР -а окупљају кроз кооперативне интеракције између фактора поправке стимулисаних свеприсутношћу РНАПИИ. Све већи докази указују на то да свеприсутна РНАПИИ активира склоп ТЦР комплекса током поправке и, паралелно, промовише обраду и разградњу РНАПИИ како би се спречило дуже задржавање. Sudbina zaustavljenog RNAPII stoga se pojavljuje kao ključna veza između TCR-a i povezanih ljudskih bolesti.


      Есеј о процесу транскрипције

      Sa posebnim naglaskom na biohemiju, razgovarajte o mašinama uključenim u proces transkripcije.

      © BrainMass Inc. brainmass.com 4. mart 2021., 17:36 ad1c9bdddf
      хттпс://браинмасс.цом/биологи/целл-биоцхем/ан-ессаи-он-тхе-трансцриптион-процесс-2527

      Преглед решења

      Механизам транскрипције: регулација конверзије ДНК у РНК

      Централна биологија је да се ДНК преписује у једноланчану РНК, која се затим преводи у протеине. Превођење протеина зависи од фине контроле гена. Delovanjem različitih faktora koji utiču na transkripciju gena, određeni protein se na kraju prevodi. Ова фина контрола омогућава спољним факторима, као што су промене у окружењу или други стрес, да диктирају протеине које ћелија производи.
      Геном сваке ћелије кодира сваки могући протеин неопходан за било који тип ћелије у читавом организму, али већини ћелија је потребан само подскуп ових протеина за обављање специфичних функција појединог типа ћелије. Dakle, ćelija će prevoditi proteine ​​samo ako su neophodni i kao odgovor na različite signale. Мора постојати нека врста контроле која омогућава транскрипцију гена специфичних за стрес у животној средини. Такође мора постојати начин за благовремену контролу брзине транскрипције одређеног гена.
      Овај есеј приказује машинерију и различите контролне механизме укључене у транскрипцију које користи ћелија. Процес транскрипције је сложен вишестепени процес који има различите контролне тачке контроле које се испитују у овом есеју. Овај есеј такође истражује неколико техника које се користе у проучавању транскрипције и регулације гена путем транскрипционе контроле.

      Позадина
      Tokom transkripcije, jednolančani deo RNK se pravi od dvolančanog dela DNK. Kod eukariota gen obično sadrži kodirajuće sekvence ili egzone, isprepletene nekodirajućim sekvencama ili intronima. Након транскрипције, некодирајуће секвенце се уклањају да формирају поруку РНК (мРНК), која се затим преноси у цитоплазму ради превођења у протеине. Ген такође садржи специфичне секвенце пре и после транскрибоване регије које су укључене у регулацију транскрипције. Интрони и егзони заједно са овим регулаторним секвенцама чине структуру гена (слика 1). Процес транскрипције укључује бројне протеине који делују на усклађен начин да омогуће рад РНК полимеразе (види Схилатифард, 1998). Сви ови протеини подлежу регулацији и представљају контролне тачке у транскрипцији гена.
      Tri različite RNK polimeraze (pol I, II, III) sintetišu različite tipove RNK iz DNK šablona. Pol I, II i III transkribuju ribozomalnu RNK (rRNK), RNK poruke (mRNK) i transfer RNK (tRNK), respektivno. Овај преглед ће се углавном фокусирати на Пол ИИ и његово учешће у транскрипцији ДНК у мРНК. Базална машина Пол ИИ везује се за регион који се назива промотор, а који је узводно од почетног места транскрипције ДНК. Promotorski region je važna sekvenca jer snaga vezivanja bazalne mašinerije za ovaj region određuje koliko često će se gen transkribovati. Учесталост транскрипције гена, о чему ће бити више речи, зависи од транскрипционих фактора и њихове контроле. Почетно место транскрипције се типично означава као +1, а секвенце узводно од места почетка транскрипције добијају негативну ознаку. Promotorski region se nalazi uzvodno od mesta početka transkripcije i uključuje TATA kutiju, visoko konzervirani septamer (5'-TATAAAA-3') koji se nalazi na poziciji -25 (Workman i Roeder, 1987).
      Транскрипција се може поделити у три фазе: прединицијација и иницијација, након чега следи продужење, а затим и прекид. Ova tri koraka su navedena u nastavku i sažeta na Slici 2. Koraci pre inicijacije i inicijacije se dešavaju blisko zajedno, nemaju jasne granice i o njima će se ovde govoriti kao o jednoj fazi. Elongacija je stvarna sinteza lanca iRNK dodavanjem ribonukleotida adenina, guanina, citozina i uracila. Током синтезе РНК, уместо додавања тимина, уместо тога додају се остаци урацила. Престанак укључује ослобађање Пол ИИ из ДНК шаблона омогућавајући му да направи други РНК транскрипт.

      Прединицијација и иницијација
      Кораци пре иницијације и иницијације укључују протеинске интеракције које одмотавају хроматинску ДНК и олакшавају интеракцију изложеног ДНК шаблона са РНК полимеразом (Гхосх и Ван Дуине, 1996). Корак пре иницијације укључује формирање базалне машинерије од неколико општих фактора транскрипције који омогућавају везивање Пол ИИ и започињање транскрипције.
      Jedan od prvih faktora koji se vezuju čini to u TATA kutiji. Протеин за везивање кутије ТАТА (ТБП) препознаје септамер и веже се на мањи жлеб двоструке спирале ДНК. ТБП изгледа као седло чија се унутрашња површина веже за ДНК остављајући спољну површину слободном за интеракцију са другим протеинима. U stvari, jedanaest drugih proteina je u interakciji sa TBP. ТБП заједно са осам других фактора повезаних са ТБП (ТАФ) чини велики комплекс познат као ТФИИД (Транскрипциони фактор Д за пол ИИ) (Гхосх и Ван Дуине, 1996). ТБП и ТФИИД се користе наизменично у целој литератури, али ће се овде спомињати као ТБП.
      Други фактор за везивање је ТФИИА (фактор транскрипције А за пол ИИ), који се директно веже за ТБП и помаже у стабилизацији интеракције између ТБП и ДНК (Малдонадо ет ал., 1990). Ногалес (2000) из структурних запажања сугерише да ТФИИА повећава површину базалног комплекса који ступа у интеракцију са ДНК. ТФИИА такође функционише као анти-репресор, блокирајући протеине који де-стабилизују интеракцију ТБП-ДНК (Цолеман ет ал., 1999). TBP može da formira dimer preko svog domena za vezivanje DNK i tako spreči bilo kakvu neželjenu transkripciju gena. TFIIA može blokirati dimerizaciju TBP promovišući njegovu disocijaciju ostavljajući TBP u obliku monomera (Coleman et al., 1999). Као резултат тога, ТФИИА олакшава везивање ТБП за промотор ДНК и транскрипцију гена.
      Након везивања ТФИИА, трећи фактор који се назива ТФИИБ везује се за растући базални комплекс. ТФИИБ се директно веже за ТБП и помаже у стабилизацији везивања за ТАТА кутију. И ТФИИБ и ТФИИА.

      Резиме решења

      Ovo rešenje je esej koji detaljno opisuje konverziju DNK u RNK. Ovo rešenje uključuje sve potrebne recenzirane citate u tekstu sa punim referencama. Ово је решење од 5000 речи и садржи две фигуре које илуструју процес.


      Структура ДНК утиче на функцију транскрипционих фактора

      Prikaz dvostruke spiralne strukture DNK. Његове четири кодирајуће јединице (А, Т, Ц, Г) означене су бојом у ружичастој, наранџастој, љубичастој и жутој боји. Заслуге: НХГРИ

      Supstance poznate kao faktori transkripcije često određuju kako se ćelija razvija, kao i koje proteine ​​proizvodi i u kojim količinama. Транскрипциони фактори се везују за део ДНК и контролишу колико је ген у том делу активиран. Naučnici su ranije pretpostavljali da je aktivnost gena kontrolisana snagom vezivanja i blizinom mesta vezivanja sa genom. Istraživači sa Instituta Maks Plank za molekularnu genetiku u Berlinu sada su otkrili da segment DNK za koji se vezuje transkripcioni faktor može imati različite prostorne aranžmane. Као резултат тога, мења структуру самог транскрипционог фактора и контролише његову активност. Сусједни сегменти ДНК имају значајан утицај на облик транскрипционог фактора, модулирајући тако активност гена.

      Да би се аутомобил кретао, није довољно да особа седи на возачевом седишту: возач мора да покрене мотор, притисне гас и укључи мењач. Слично функционише и у ћелијама нашег тела. До недавно су научници сумњали да се одређени протеини везују само за одређена места на ланцу ДНК, усмеравајући судбину ћелије у том процесу. Što se bliže i čvršće vezuju za gen na DNK, smatralo se da je gen aktivniji. Ови протеини, познати као фактори транскрипције, контролишу активност гена.

      Тим научника на челу са Себастианом Меијсингом са Института за молекуларну генетику Мак Планцк дошао је до другачијег закључка: Истраживачи су открили да фактори транскрипције могу попримити различите облике у зависности од тога за који сегмент ДНК се везују. „Oblik veze, zauzvrat, utiče na to da li će i koliko snažno biti aktiviran gen“, objašnjava Meijsing.

      Сходно томе, транскрипциони фактори се могу везати за сегменте ДНК без утицаја на оближњи ген. Као и у нашој аналогији аутомобила, само присуство "машиновође" очигледно није довољно за постављање механизма у воз. Други фактори такође морају бити укључени у одређивање јачине транскрипционог фактора који активира ген.

      Глукокортикоидни рецептор је такође фактор транскрипције

      Један пример је производња глукозе у јетри. Ako krv sadrži premalo glukoze, nadbubrežne žlezde oslobađaju glukokortikoide, koji deluju kao hemijski glasnici. Ovi hormoni cirkulišu kroz telo i vezuju se za glukokortikoidne receptore na ćelijama jetre. Рецептори истовремено делују као транскрипциони фактори и регулишу активност гена у ћелијама. На овај начин јетра је у стању да произведе више глукозе, а ниво шећера у крви поново расте.

      "Понекад везивање за глукокортикоидне рецепторе резултира снажном активацијом суседних гена, док се понекад мало или ништа не промени", извештава Меијсинг. Научници су открили да састав сегмената ДНК на које се рецептори везују помаже у одређивању колико је снажно ген активиран. Међутим, ови сегменти нису у директном контакту са рецепторима који делују као транскрипциони фактори, већ само бочно везују места. Ipak, to je očigledno dovoljno da ima značajan uticaj na interakciju.

      "The structure of the interface between the transcription factor and genome segments must therefore play a key role in determining gene activity. In addition, adjacent DNA segments influence the activity of the bound transcription factors. These mechanisms ultimately ensure that liver cells produce the right substances in the right amounts," Meijsing says.

      The findings could also have medical applications. Many DNA variants associated with diseases belong to sequences that evidently control the activity of transcription factors. "Scientists had previously assumed that these segments exert an effect by inhibiting the binding of transcription factors, thus impeding the activity of neighbouring genes," Meijsing says. "Our findings have now shown that some of these segments may not influence the contact directly but nevertheless reduce the activation state of the associated transcription factor."


      DNA structure influences the function of transcription factors

      Substances known as transcription factors often determine how a cell develops as well as which proteins it produces and in what quantities. Transcription factors bind to a section of DNA and control how strongly a gene in that section is activated. Scientists had previously assumed that gene activity is controlled by the binding strength and the proximity of the binding site to the gene. Researchers at the Max Planck Institute for Molecular Genetics in Berlin have now discovered that the DNA segment to which a transcription factor binds can assume various spatial arrangements. As a result, it alters the structure of the transcription factor itself and controls its activity. Neighbouring DNA segments have a significant impact on transcription factor shape, thus modulating the activity of the gene.

      For a car to move, it is not enough for a person to sit in the driver's seat: the driver has to start the engine, press on the accelerator and engage the transmission. Things work similarly in the cells of our body. Until recently, scientists had suspected that certain proteins only bind to specific sites on the DNA strand, directing the cell's fate in the process. The closer and more tightly they bind to a gene on the DNA, the more active the gene was thought to be. These proteins, known as transcription factors, control the activity of genes.

      A team of scientists headed by Sebastiaan Meijsing at the Max Planck Institute for Molecular Genetics have now come to a different conclusion: The researchers discovered that transcription factors can assume various shapes depending on which DNA segment they bind to. "The shape of the bond, in turn, influences whether and how strongly a gene is activated," Meijsing explains.

      Consequently, transcription factors can bind to DNA segments without affecting a nearby gene. As in our car analogy, the mere presence of a "driver" is evidently not sufficient to set the mechanism in train. Other factors must also be involved in determining how strongly a transcription factor activates a gene.

      Glucocorticoid receptor is also a transcription factor

      One example is glucose production in the liver. If the blood contains too little glucose, the adrenal glands release glucocorticoids, which act as chemical messengers. These hormones circulate through the body and bind to glucocorticoid receptors on liver cells. The receptors simultaneously act as transcription factors and regulate gene activity in the cells. In this way, the liver is able to produce more glucose, and the blood sugar level rises again.

      "Sometimes glucocorticoid receptor binding results in strong activation of neighbouring genes, whereas at other times little if anything changes," Meijsing reports. The scientists found that the composition of DNA segments to which the receptors bind help determine how strongly a gene is activated. However, these segments are not in direct contact with the receptors acting as transcription factors they only flank the binding sites. Yet, that is evidently enough to have a significant influence on the interaction.

      "The structure of the interface between the transcription factor and genome segments must therefore play a key role in determining gene activity. In addition, adjacent DNA segments influence the activity of the bound transcription factors. These mechanisms ultimately ensure that liver cells produce the right substances in the right amounts," Meijsing says.

      The findings could also have medical applications. Many DNA variants associated with diseases belong to sequences that evidently control the activity of transcription factors. "Scientists had previously assumed that these segments exert an effect by inhibiting the binding of transcription factors, thus impeding the activity of neighbouring genes," Meijsing says. "Our findings have now shown that some of these segments may not influence the contact directly but nevertheless reduce the activation state of the associated transcription factor."

      Original publication: Stefanie Schöne, Marcel Jurk, Mahdi Bagherpoor Helabad, Iris Dror, Isabelle Lebars, Bruno Kieffer, Petra Imhof, Remo Rohs, Martin Vingron, Morgane Thomas-Chollier, Sebastiaan H. Meijsing
      Sequences flanking the core binding site modulate glucocorticoid receptor structure and activity
      Натуре Цоммуницатионс 1 September, 2016

      Одрицање одговорности: АААС и ЕурекАлерт! не сносе одговорност за тачност саопштења објављених на ЕурекАлерт -у! давањем доприноса институцијама или за коришћење било којих информација путем система ЕурекАлерт.


      Gene expression is controlled by a number of features – regulation of transcription and translation:

      In eukaryotes, transcription or target genes can be stimulated or inhibited when specific transcriptional factors move from the cytoplasm into the nucleus. As only target genes are transcribed, it means that specific proteins are made. Each type of body cell has different target cells so they give different characteristics i.e. a nerve cell is different to a red blood cell. Transcription factors can change the rate of transcription and the process is as follows:

      • The transcription factors move in by diffusion into the nucleus from the cytoplasm.
      • When in the nucleus they may bind to promoter sequence (the sequence which is the start of the target gene).
      • The transcription factors either increase or decrease the rate of transcription depending if they have bound onto the promoter sequence.

      Some transcription factors are called activators where they increase the rate of transcription. This is done by the transcription factors helping the RNA polymerase to bind to the promoter sequence to activate transcription. Others are called repressors where they decrease the rate of transcription. This is done by the transcription factors binding to the promoter sequence preventing RNA polymerase from binding. This stops transcription.

      Oestrogen can initiate the transcription of target genes. NB: Sometimes it can cause a transcription factor to be a repressor. You don’t need to know this for the AQA exam. A transcription factor may be bound to an inhibitor stopping it from binding to the promoter sequence. Oestrogen binds to the transcription factor making an oestrogen-oestrogen receptor complex and changes the site where the inhibitor is joined on (called DNA binding site). This means that the inhibitor is detached allowing the transcription factor to attach to the promoter sequence. NB: You don’t need to know the name of the inhibitor. Also the DNA binding site on the transcription factor stays changed whilst the oestrogen has bound to it.

      In eukaryotes and some prokaryotes, translation of the mRNA produced from target genes can be inhibited by RNA interference known as RNAi. Short RNA molecules such as micro RNA, known as miRNA, and small interference RNA, known as siRNA, form an RNA Induced Silencing Complex, known as RISC, with proteins. NB: The small RNA molecules known to be double stranded in the revision guides or in textbooks this is confusing so it is better to start the process as miRNA and siRNA being single stranded. RNA forms a complex with a protein which is an enzyme called RNA hydrolase. miRNA does not form a complex with RNA hydrolase but another protein. These RNA molecules can each make a RISC with more then one protein and the proteins involved do not need to be known for AQA. The complexes each attach to their target mRNA sequence and preventing translation in different ways. This is how it is done for each small RNA molecules:

      • siRNA/miRNA in plants:
      • The bases on the siRNA attach to the bases on the mRNA by complementary base pairing.
      • RNA hydrolase hydrolyses the mRNA strand into fragments preventing translation to occur as the whole polypeptide chain will not be made

      NB: It is not necessary to know that the fragments are degraded in the processing body. If you want to learn this there is no harm.

      • miRNA in mammals:
      • The bases on the miRNA attach to the bases on the mRNA by complementary base pairing.
      • Ribosomes are prevented from attaching to the mRNA strand stopping translation from occurring.

      NB: Again here, it is not necessary to know that mRNA is degraded or stored in the processing body.

      Epigenetics involves heritable changes in gene function, without changes to the DNA base sequence. These changes are caused by changes in the environment (more exposure to pollution) that inhibit transcription by:

      • Increased methylation of DNA:A methyl group (known as an epigenetic mark) attaches to cytosine that has to be part of the nucleotide that is attached to guanine by a phosphodiester bond. NB: You may be confused right now but look at the diagram below of one strand of DNA and notice which of the cytosine nucleotides the methyl group joins on to. Notice that the nucleotide on the far right of the strand and the third one from the left does not have a methyl group as they are not next to a nucleotide with guanine as the base. The joining of the methyl group should not be confused by joining on to cytosine which is complementary to guanine on the other strand as this is wrong. Also the methyl group – CH3 – does not change the base sequence but the structure. As the structure has changed, it has become harder for enzymes to attach to the DNA stopping the expression of a gene. If the tumour suppressor gene is not transcribed it can cause cancer.

      • Decreased of associated histones: An acetyl group – COCH3 – is another epigenetic mark which attaches to histone proteins to make the chromatin (mixture of DNA wound around histone proteins) less condensed for easy genetic expression to occur. The problem originates when histone deacetylase breaks the bond between the histone protein and acetyl group. The DNA becomes highly condensed making hard for enzymes to carry out the gene expression. NB: Histone deacetylase can be abbreviated into HDAC but it is best that you stay with the full name.

      Epigenetic changes to the DNA are fortunately reversible therefore they are good targets by drugs to stop the effects of epigenetic occurring. These drugs can either stop DNA methylation or can inhibit histone deacetylase allowing the acetyl groups to remain attached to the DNA.


      Референце

      Glass, C.K. Differential recognition of target genes by nuclear receptor monomers, dimers, and heterodimers. Ендоцр. Рев. 15, 391–407 (1994).

      Shore, P. & Sharrocks, A.D. The MADS-box family of transcription factors. ЕУР. Ј. Биоцхем. 229, 1–13 (1995).

      Wegner, M. From head to toes: the multiple facets of Sox proteins. Nukleinske kiseline Res. 27, 1409–1420 (1999).

      Herr, W. & Cleary, M.A. The POU domain: versatility in transcriptional regulation by a flexible two-in-one DNA-binding domain. Генес Дев. 9, 1679–1693 (1995).

      Птасхне, М. & амп Ганн, А. Genes & Signals (Цолд Спринг Харбор Лаборатори Пресс, Цолд Спринг Харбоур, Нев Иорк, 2002).

      Tjian, R. & Maniatis, T. Transcriptional activation: a complex puzzle with few easy pieces. Мобилни 77, 5–8 (1994).

      Lefstin, J.A. & Yamamoto, K.R. Allosteric effects of DNA on transcriptional regulators. Природа 392, 885–888 (1998).

      Rastinejad, F., Perlmann, T., Evans, R.M. & Sigler, P.B. Structural determinants of nuclear receptor assembly on DNA direct repeats. Природа 375, 203–211 (1995).

      Mangelsdorf, D.J. & Evans, R.M. The RXR heterodimers and orphan receptors. Мобилни 83, 841–850 (1995).

      Pellegrini, L., Tan, S. & Richmond, T.J. Structure of serum response factor core bound to DNA. Природа 376, 490–498 (1995).

      Hassler, M. & Richmond, T.J. The B-box dominates SAP-1-SRF interactions in the structure of the ternary complex. EMBO J. 20, 3018–3028 (2001).

      Tan, S. & Richmond, T.J. Crystal structure of the yeast MATα2/MCM1/DNA ternary complex. Природа 391, 660–666 (1998).

      Ryan, A.K. & Rosenfeld, M.G. POU domain family values: flexibility, partnerships, and developmental codes. Генес Дев. 11, 1207–1225 (1997).

      Kamachi, Y., Uchikawa, M. & Kondoh, H. Pairing SOX off: with partners in the regulation of embryonic development. Трендс Генет. 16, 182–187 (2000).

      Dailey, L. & Basilico, C. Coevolution of HMG domains and homeodomains and the generation of transcriptional regulation by Sox/POU complexes. J. Cell Physiol. 186, 315–328 (2001).

      Ambrosetti, D.C., Basilico, C. & Dailey, L. Synergistic activation of the fibroblast growth factor 4 enhancer by Sox2 and Oct-3 depends on protein-protein interactions facilitated by a specific spatial arrangement of factor binding sites. Мол. Мобилни. Биол. 17, 6321–6329 (1997).

      Avilion, A.A. ет ал. Multipotent cell lineages in early mouse development depend on SOX2 function. Генес Дев. 17, 126–140 (2003).

      Remenyi, A. et al. Crystal structure of a POU/HMG/DNA ternary complex suggests differential assembly of Oct4 and Sox2 on two enhancers. Генес Дев. 17, 2048–2059 (2003).

      Di Rocco, G. et al. The recruitment of SOX/OCT complexes and the differential activity of HOXA1 and HOXB1 modulate the Hoxb1 auto-regulatory enhancer function. Ј. Биол. Chem. 276, 20506–20515 (2001).

      Williams, D.C. Jr., Cai, M. & Clore, G.M. Molecular basis for synergistic transcriptional activation by Oct1 and Sox2 revealed from the solution structure of the 42-kDa Oct1.Sox2.Hoxb1-DNA ternary transcription factor complex. Ј. Биол. Chem. 279, 1449–1457 (2004).

      Kamachi, Y., Uchikawa, M., Tanouchi, A., Sekido, R. & Kondoh, H. Pax6 and SOX2 form a co-DNA-binding partner complex that regulates initiation of lens development. Генес Дев. 15, 1272–1286 (2001).

      Klemm, J.D., Rould, M.A., Aurora, R., Herr, W. & Pabo, C.O. Crystal structure of the Oct-1 POU domain bound to an octamer site: DNA recognition with tethered DNA-binding modules. Мобилни 77, 21–32 (1994).

      Tomilin, A. et al. Synergism with the coactivator OBF-1 (OCA-B, BOB-1) is mediated by a specific POU dimer configuration. Мобилни 103, 853–864 (2000).

      Remenyi, A. et al. Differential dimer activities of the transcription factor Oct-1 by DNA-induced interface swapping. Мол. Мобилни 8, 569–580 (2001).